Die kontrollierte Auswilderung der Testherde erfolgt in drei Phasen in zunehmend grossen Räumen, wobei die Tiere in den beiden ersten Phasen eingezäunt sind und sich in der dritten Phase in einem definierten Gebiet frei bewegen können.

Zunächst wird sich die Testherde rund zwei Jahre lang in einem rund 50 ha grossen eingezäunten Gelände aufhalten und an die Juralandschaft gewöhnen. Danach wird sie sich für ca. drei Jahre auf einer erweiterten Fläche von ca. 100 ha aufhalten können, welche noch immer eingezäunt ist. Durchfahrten und Durchgänge stellen sicher, dass dieses «Auswilderungsgehege» für Fussgänger und Forstfahrzeuge normal benutzbar bleibt. Nachdem sich die Wisente mit den Gegebenheiten des Juras vertraut gemacht und eine stabile Raumnutzung entwickelt haben, wird der Zaun nach ca. drei Jahren abgebaut. Nun kann sich die Test-Herde in einem vorgängig definierten Gebiet von rund 7 km² Grösse auch in den angrenzenden Wäldern der ersten Jurakette aufhalten. Wegen der bestehenden Weidezäune werden die Wisente auch in der dritten Phase den Wald nur an wenigen Stellen verlassen können. Ausserdem werden mit virtuellen oder stellenweise auch echten Zäunen die Wisente am Verlassen dieses Gebietes gehindert. 

Dank GPS-Halsbändern ist der Aufenthaltsort der Herde immer bekannt. Das Befinden der Tiere und die soziale Struktur der Gruppe werden in der Regel täglich im Feld überprüft. Die Begleitforschung untersucht Nahrungswahl, Verhalten der Herde gegenüber Menschen, Vieh und Einrichtungen aller Art. Allfällige Wildschäden werden systematisch dokumentiert und den Betroffenen abgegolten. Dies gilt auch für Mehraufwände infolge der Wisente.

Zudem wird untersucht, wie das Verhalten der freilebenden Wisente gezielt beeinflusst werden kann. Insbesondere ist zu klären, ob und wie die Wisente von Flächen ferngehalten werden können, auf denen sie grossen Schaden stiften könnten. Die Wisent-Testherde wird den rechtlichen Status einer freilaufenden Herde in der Verantwortung des Vereins Wisent im Thal haben und nicht denjenigen von ausgesetzten Wildtieren. So wird der einfache Zugriff des Vereins auf die Tiere und die Haftung sichergestellt.